En el año de 1565 se fundó en Osorno la primera Misión Franciscana, junto al Río Damas, sin embargo, está desaparecido en 1602 junto con la destrucción de la ciudad. Los Franciscanos retornan a Osorno en el proceso de re-poblamiento en 1794, pero será recién en 1848 cuando construyan un templo emplazado en el lugar que ocupa actualmente la Iglesia de San Francisco. La antigua que contaba de tres naves de estilo neo-barroca, compuestas de tres naves, dos torres laterales coronadas por cruces romanas, y tres pórticos.