Puerto Aysén se ubica en la Región de Aysén. Es capital de la comuna de Aysén. Está a orillas del Río Aysén, 3 km al interior del Fiordo de Aysén. Solo en la ciudad tiene una población estimada de 27.000 habitantes en 2017, transformándola en la segunda ciudad de importancia en la región después de la Capital Regional: Coyhaique.