Melimoyu pertenece a la Región de Aysén, tiene nexo entre el límite sur del bosque templado valdiviano y el extremo norte del bosque subantártico patagónico. Su geografía está compuesta de grandes extensiones de bosque nativo representado por dos pisos vegetacionales predominantes, el bosque siempre verde templado, y el bosque resinoso templado de ciprés de las Guaitecas y tepú.