Se encuentra conformado por un estuario del mismo nombre, en donde convergen los Ríos Puchaurán y Quillaico. Este humedal es característico al encontrarse la localidad de San Juan emplazado a un costado de él y en periodos de marea alta, el humedal alcanza la base de la Iglesia Patrimonio de la Humanidad de la misma localidad. Durante los últimos años el Humedal de San Juan se ha convertido en lugar de nidificación de cisnes de cuello negro, los cuales llegan entre los meses de septiembre y octubre.